يهدف مركز دراسات القدس إلى تحقيق غايات وأهداف من أبرزها ما يلي:
– إجراء الدراسات والبحوث والأنشطة والبرامج، التي تغزز الوعي بكافة الأبعاد المتعلقة بالقدس، وتخدم هدف تحريرها من الاحتلال الصهيوني.
– التعريف بالقدس من حيث النشأة والتطور التاريخي، بما يؤكد أصلها العربي وأهميتها للعرب والمسلمين والعالم كافة.
– فضح جرائم الكيان الصهيوني المتمثلة في اغتصاب أرض المقدسيين، وعمليات تفريغها من أصحابها، والتصدي للمخططات الإسرائيلية لهدم الأقصى والأماكن الدينية الإسلامية والمسيحية وطمس معالم المدينة.
– المساهمة في التواصل مع المقدسيين، وربطهم بمحيطهم الحيوي داخل الوطن الفلسطيني وخارجه، ومساعدتهم على الصمود في أرضهم وتثبيتهم في ديارهم.